O Departamento de Ensino do Campus Colniza é um segmento do organograma ligado diretamente à Direção Geral do Campus. Suas principais funções são planejar, coordenar, supervisionar, avaliar e desenvolver atividades relacionadas aos níveis e modalidades de ensino ofertados à sociedade.

A chefia do departamento de ensino coordena uma equipe de profissionais, entre técnicos, docentes e discentes mediante a um trabalho colaborativo com objetivo de proporcionar uma “educação para a vida e para o trabalho” a todos que buscam ingressar na instituição nos cursos  profissionalizantes de Ensino Médio Subsequente, Ensino Médio Integrado ao Técnico e PROEJA.

Toda a equipe da Diretoria de Ensino do IFMT Colniza é subdividida em coordenações de cursos e setores que visam atender as  demandas internas e externas possam ser atendidas em tempo hábil. As principais atribuições dos setores e/ou coordenações ligados ao Departamento de ensino são:  analisar, controlar, emitir e armazenar todos os documentos referentes à vida escolar e acadêmica dos discentes e demais documentações relativas ao Ensino.